Ваш инженер прав, но покупать другие насадки не придется – для тестирования сегментов, оконцованных коннекторами SC, вам следует приобрести всего лишь два сменных гнезда SC на таких же резьбовых соединениях, что и у гнезд ST, входящих в начальный комплект поставки. При тестировании волоконной оптики вы должны использовать метод одной перемычки – это требование стандарта, поэтому то подключение двух перемычек, что вы произвели, действительно неправильно. Кроме того, после получения эталонного значения вы не имеете права размыкать соединения с портами TX, передающими сигнал, иначе полученные результаты будут сильно отличаться от реальных значений. Это исключает возможность проводить процедуру Set Reference с одним шнуром, а тестировать с другими, как вы предлагали.
Учитывая все эти требования, производитель (ранее – Microtest, а теперь Fluke Networks) разработал для порта приема RX (который, в отличие от TX, можно размыкать после получения эталонного значения, поскольку на нем стоит собирающая линза) сменный разъем на резьбовом соединении. Для тестирования объекта SC вам понадобятся, помимо собственно приборов и насадок, 2 сменных адаптера ST на резьбовом соединении (входящие в комплект), 2 сменных адаптера SC на резьбовом соединении (заказываются отдельно) и 2 дуплексных перемычки ST-SC. Для проведения процедуры Set Reference вы навинчиваете на адаптеры разъемы SC и подключаете к модулям прибора по одному световоду от каждой перемычки, как показано на рисунке:

Таким образом, вы строго следуете методу одной перемычки, как того требует стандарт. После получения эталонного значения вы размыкаете подключения к портам RX, не трогая порты TX. На портах RX теперь вместо сменных адаптеров SC вы навинчиваете сменные разъемы ST. Затем к этим гнездам подключаете вторые (ранее не участвовавшие в работе) хвосты перемычек с коннекторами ST, как показано на втором рисунке:

Теперь вы можете подключить разъемы SC к тестируемому сегменту и провести измерения.